以少胜多｜声波赋能单细胞测序新突破

优厮

      

　　单细胞测序技术起始核酸材料极少，步骤比普通NGS繁杂，实验周期更长，难度和风险也更大。重现性和成功率是一大考验。单细胞测序方法众多，除了商品化试剂盒，许多研究人员也会针对自己关注的特征开发全新的技术。另一方面，开展肿瘤异质性等针对细胞群体的研究越来越普遍，这需要对大批量细胞进行逐一的测序和解析。如果按照试剂盒常量/rxn，手工完成每一个细胞的实验，劳力和成本都难以承受。
　　Echo硬核的声波移液技术技术，通过能量控制准确的纳升级液体转移，喷射液滴单位可以低至2.5 nL。其非物理接触、准确小量移液、高速度的特征，决定了Echo非常适合解决单细胞测序中遇到的超高通量、技术灵活多变、反应scale-down成本控制、交叉污染等问题。

　　非物理接触
　　 · 样本完整性
　　 · 无吸头消耗
　　 · 降低交叉污染风险
　　移液的灵活性
　　 · 2.5 /25 nL 每滴
　　 · 200-500 滴/秒
　　 · 任意孔至任意孔移液
　　移液条件温和
　　 · DNA/RNA/蛋白等生物大分子
　　以结合SMART-Seq cDNA文库制备及Nextera XT 测序文库制备的单细胞RNA-seq实验为例。SMART-Seq反应体系（50 uL）可以由Echo缩小4，5，8，10，16，20至32倍，Nextera XT 试剂盒可缩小10倍（50 uL至5 ul）使用。值得注意的是，SMART-seq cDNA文库制备中，常量反应总体积为50 ul, 缩小32倍后反应总体积仅仅只有1.75 uL，还不及一个常量反应中逆转录酶使用量大。借助Echo，一个96 rxn的试剂盒将具备完成3072 rxn的可能。
　　Echo可以完成
　　● 微量化的单细胞基因组放大3
　　● 微量化的单细胞测序文库制备
　　● 微量化的文库浓度质控
　　● 一步法文库Normalization&Pooling
　　● Better together—— Echo plus Biomek自动化单细胞测序方案
　　基于Echo的单细胞文库制备不受待测细胞数目的限制，支持各种试
　　Better together—— Echo plus Biomek自动化单细胞测序方案
　　基于Echo的单细胞文库制备不受待测细胞数目的限制，支持各种试剂盒的灵活组合和NGS建库方法学DIY。做你想做的，测你想测的，提供scale-down的微量化反应体系和scale-up的自由度。
　　将Echo声波移液工作站与Biomek i-系列自动化工作站结合，可实现更高自动化程度的单细胞测序实验。Echo完成文库制备中涉及的微量化反应体系构建， 由Biomek自动化工作站配合实现文库 Agencourt SPRIselect磁珠PCR clean-up和片段筛选。实验流中产生的数据均可查可溯，保证文库信息安全可靠。

　　参考：
　　 1. US Patent 6938987
　　 2. US Patent 6938995

栾以彤

整理到位，对比分析很良心。

NmpuVwSKfa

存

铀茧

信息量足，慢慢消化，先谢过。

喻香

很实用，日常维护要点总结得好。

任寒梅

专业好文，收藏学习用

解希彤

专业清晰，果断码住

东郭天柏

专业干货，先收藏再说

弘若淑

多谢楼主，行业新手表示非常受用。

管紫杉

整理得好，正好补上我的一些盲区。